В истории развития гистологии можно выделить три основных периода: домикроскопический, микроскопический и современный.

Домикроскопический период связан с эволюцией представлений о строении тела человека и длился с начала V в. до н. э. и по 1665 г. Хотя считается, что первый микроскоп был сконструирован голландцем Янсеном З. в 1590 г. Но это был набор увеличительных линз.

Микроскопический период (1665 – 1950 гг.) начался с изобретения микроскопа английским физиком Р. Гуком, который исследовал биологические объекты. Р. Гук впервые ввел термин «клетка».

в 1677 г. Левенгук при исследовании спермы животных обнаружил двигающиеся клетки — он назвал сперматозоиды «живчиками». Далее история микроскопии развивалась медленно, т.к. не понимали, какой материал исследовать.

В дальнейшем происходило непрерывное усовершенствование микроскопов и все более широкое их использование для изучения биологических тканей и органов.

Первые гистологи в России Н.М. Якубович и Ф.В. Овсянников. Работы этих учёных по микроскопическому строению мозга и нервов положили начало дальнейшему развитию гистологии.

М.Д. Лавдовский и Ф.В. Овсянников создали первое русское руководство по гистологии.

Начало современного этапа можно отнести к 1950 г., когда впервые электронный микроскоп был применен для изучения биологических объектов. Для современного этапа развития гистологии характерно внедрение не только электронной микроскопии, но и других методов: цито- и гистохимии, гисторадиографии, иммуногистохимии и т. д.

Гистологию в России развивали ученые медицинских факультетов российских вузов, где сформировались сильные гистологические школы:

1) Московская школа (А.И. Бабухин, И.Ф. Огнев). Основное направление деятельности – гистогенез мышечной и нервной ткани, гистофизиологические подходы к изучению органов чувств, особенно органа зрения;

2) Петербургская гистологическая школа при Медико-хирургической академии (К.Э. Бэр – эмбриолог, Н.М. Якубович, М.Д. Лавдовский – нейрогистологи и А.А. Максимов – автор унитарной теории кроветворения);

3) Петербургская гистологическая школа при университете (Ф.В. Овсянников – исследования органов чувств, А.С. Догель – нейрогистолог и др.);

4) Киевская гистологическая школа (П.И. Перемежко изучал деление клеток, развитие органов);

5) Казанская гистологическая школа – К.А. Арнштейн, А.С. Догель, А.Е. Смирнов, Т.А. Тимофеев, Б.И. Лаврентьев. Данная школа развивала нейрогистологическое направление.

Наиболее крупными учеными в области гистологии в России были А.А. Заварзин и Н.Г. Хлопин, занимавшиеся исследованием закономерностей развития тканей в филогенезе.